כפר ורבורג נוסד ב- 31 באוקטובר 1939.
המושב הוקם ע"י חברת אמיק"א (שנוסדה אחרי מאורעות תרפ"ט, כאשר חידשה יק"א את פעולתה בארץ ישראל יחד עם "קרן העזרה לארץ ישראל"), ונקרא ע"ש פליקס ורבורג, ממנהיגי הקהילה היהודית בארצות הברית, מייסד ארגון הג'וינט.
ניסיון ראשון להתיישבות נעשה בשנת 1935 כאשר קבוצת אנשים מ"ארגון מנחם"– קבוצת פועלים שהתארגנה ברחובות לשם הקמת מושב - התיישבה בקרבת קיבוץ כפר מנחם של ימינו (שהיה אזור מוקף יישובים ערביים). בפרוץ מאורעות 1936 נעזב המקום ונהרס ע"י ערבים.
ב- 27 ביולי 1937, במסגרת התיישבות "חומה ומגדל", הקימו אנשי "ארגון מנחם" את כפר-מנחם.
בשנת 1939 החליפו המוסדות המיישבים את חברי "ארגון מנחם" בגרעין של "השומר הצעיר" שהתעתד להקים במקום קיבוץ. אנשי "ארגון מנחם" הקימו את כפר ורבורג.
במלחמת העולם השנייה התגייסו מספר חברים מאנשי הכפר – בעלי משפחות - לצבא הבריטי ולבריגדה..
במלחמת השחרור עמד כפר-ורבורג בקו החזית השני מול הפולש המצרי. תושבי הכפר היו מגוייסים לאיוש העמדות. הילדים והאימהות פונו מספר פעמים במהלך המלחמה ליישובים במרכז הארץ.
בתחום בית הקברות של המושב קיים בית קברות צבאי רשמי של מדינת ישראל, בו קבורים חללים רבים מקרבות מלחמת השחרור שנפלו באזור הדרום.
בשנת 1950 הצטרפו למושב עולים מארצות אירופה, ניצולי שואה ברובם (שהתארגנו כקבוצה בכפר-ויתקין), והתיישבו ב"הרחבה" בבתים שנבנו ע"י הסוכנות (לאחר תקופה שבה השתכנו במשקי החברים(.
בראשית שנות החמישים נבנה במושב "בית עם" גדול ומרווח ששימש את כל תושבי הדרום.
הועלו בו הצגות ומחזות זמר וכד'. הבית נקרא ע"ש ש. פסמן שהיה מנהל אמיק"א.
בשנת 1959 הוקמה בכפר אנדרטה, ובה הונצחו שלושה מבני הכפר שנפלו במלחמת השחרור. מאוחר יותר נוספו, לצערנו, חללים נוספים מבני הכפר שהונצחו במקום..
בשנים הראשונות התחנכו ילדי המושב בביה"ס בבאר-טוביה. לאחר מכן הוקם בי"ס משותף לכפר-ורבורג ובאר טוביה, שהורחב בראשית שנות החמישים לבי"ס "מבואות".
היום המושב גדל והתרחב עם שובם של בנים רבים והצטרפותם של תושבים חדשים, המתגוררים בהרחבה שנבנתה בעשר השנים האחרונות.
המקום שומר עדיין על צביון חקלאי ובו משקים פעילים, למרות שחלק מן התושבים מוצאים פרנסתם ממקורות אחרים.
כתובת דוא"ל של המושב / אגודה חקלאית : kfarwarburg@gmail.com
כתובת דוא"ל של ועד מקומי כפר ורבורג : kfarvarburg@gmail.com